日本有数の研究都市である茨城県つくば市でとある博士がアンドロイドの研究を行っていた。
その博士が開発したアンドロイドの姉妹である、イリスとイーラが研究所を脱走した。博士は試作品であったツクバダインを起動し、2人を研究所に連れ戻すよう頼んだ。そのころ、イリスとイーラは自身のデータを基に、シュート、カラスの2体の別のアンドロイドを生み出し行動を開始していた。シュートとカラスはイリス、イーラの命令を受け、人間を襲い始める。「同じアンドロイドなら理解し合える」、「人間とアンドロイドはお互いを理解出来る」、それらの信念のもと、ツクバダインは2人を止めようと戦うが、聞く耳を持たない。
果たして、ツクバダインがイリスとイーラと分かり合える日は来るのだろうか.....
新たにMr.ファクトリーヘッドスクリュー巻島を名乗る"アンドロイドを嫌う人間"の一味や学士基板戦士オウルという"自称"ヒーローも乱入し、物語はさらに混沌を極めていた……
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